Hallo! 
Nach meiner bescheidenen Meinung würde ich das auch so sehen, dass Du mit der Anlage eine Individualvereinbarung i. S. d. Gestaltungsfreiheit als wesentlicher Komponente der Vertragsfreiheit (wiederum: Ausfluss der Allgemeinen Handlungsfreiheit nach Art. 2 Abs. 1 GG) akzeptiert hast. (Der Mietvertrag ist nun einmal ein zweiseitiges Rechtsgeschäft.) Pacta sunt servanda! (Verträge müssen erfüllt werden!)
Dabei ist es ohne Zweifel zur Überschreitung des ursprünglichen Regelungsbereiches (Schönheitsreparaturen) gekommen. Zumindest Wärmedämmung und Laminat / Parkett stellen eine Aufwertung und somit Verbesserung zum derzeitigen Zustand dar.
Diese Überschreitung hast Du aber mit Deiner Unterschrift mehr oder weniger konkludent gebilligt.
Nun weiß ich nicht, ob sich der gesetzliche Schutz bezgl. Mietverträgen nur auf den seit der Schuldrechtsreform ins BGB verlagerten AGB-Schutz bezieht. Wenn ja, könnte hier Schluss sein.
Sollte es weitergehende gesetzliche Regelungen (ev. schon im BGB) in Hinsicht auf den Mieterschutz geben, könnte noch was zu machen sein. Dazu habe ich aber keinerlei Kenntnisse.
Eine pauschale Form der Abwehr könnte im Übrigen die Anfechtung sein: Nach § 119 Abs. 1 Alt. 1 BGB kann eine Wllenserklärung (die eigene!) angefochten werden, wenn man sich über den Inhalt der Erklärung im Irrtum befand. Da Du Dir bei Unterschrift des Mietvertrages nicht darüber im Klaren warst, dass Du eine Erklärung abgabst, welche über den Ur-Regelungsgegenstand (die Schönheitsreparaturen) hinausgeht, müsstest Du Deine Willenserklärung anfechten können. Rechtsfolge der Anfechtung wäre dann die Nichtigkeit der Teil-Vereinbarung (wahrscheinlich nicht des ganzen Vertrages, ob nun mit oder ohne salvatorische Klausel). (Salvatorische Klausel soll angeblich Quasi-Standard sein heutzutage.)
Die Anfechtung ist gegenüber dem Vertragspartner erklärungsbedürftig, d. h. Du musst sie ihm gegenüber aussprechen (mit Zeugen besser) oder schriftlich (Zustellung!) zukommen lassen. (Bei letzterer Form reicht es, wenn Du nachweisen kannst, dass das Schreiben seinen Verfügungsbereich erreicht hat. Das sollte der Briefkasten sein. Also Einschreiben.)
Problematisch: Die Anfechtung muss fristgerecht (etwa: § 121 Abs. 2 BGB, Ausschlussfrist) bzw. insbesondere: unverzüglich nach Erlangung der Erkenntnis über den Irrtum erfolgen (§ 121 Abs. 1 BGB). Dazu hat sich, glaube ich, in der Rechtsprechung eine Frist von zwei Wochen bis spätestens 1 Monat (eher 2 Wochen) herauskristallisiert.
Bei der Anfechtung ist auch eine gewisser Interpretationsbedarf zulässig. So sollte es ausreichen, wenn Du dem Vermieter vor Zeugen erklärst, dass Du das gar nicht erkennen konntest, was Du da an Überschreitungen zugestimmt hast und dass Du diese Regelung als nichtig ansiehst. Darin sollte eine Anfechtung erkennbar sein. Aber schriftlich sollte immer besser sein.
Weiterhin ev. problematisch: Im Kaufrecht ist eine Anfechtung nur bis zum Gefahrübergang (Einigung über den Eigentumsübergang und Übergabe des Kaufgegenstandes) möglich. Wie es im Mietrecht ist, weiß ich nicht. Vielleicht gilt da mit dem Einzug Ähnliches ... Informieren!
Also: Du musst Dich innerhalb von zwei Wochen nach der jetzt bekanntgewordenen Überschreitung des vermuteten Regelungsinhalts drehen, sonst ist ev. Schicht im Schacht! Wenn Dein Vermieter erfährt, dass Du schon ein Vierteljahr weißt, dass das keine Schönheitsreparaturen sind, kann er wegen der nicht vorliegenden Unverzüglichkeit die Anfechtung wegen Inhaltsirrtum abweisen.
Ein noch größeres Geschütz wäre die Anfechtung wegen arglistiger Täuschung nach § 123 BGB. Diese musst Du aber ggfs. nachweisen können. Wärmedämmarbeiten und Laminatarbeiten standen ja klar und deutlich drin. Die wurden Dir zwar i. S. v. Schönheitsreparaturen untergeschoben, aber eben nicht verheimlicht. Vielleicht würde da ja ein Gericht auf einen normalverständigen Mieter abstellen. Ob dieser dann nicht hätte erkennen müssen, ob dies noch Schönheitsreparaturen sind? Ebenso wird da sicher auf denHorizont des Vermieters abgestellt werden: Ist es ein professioneller Vermieter, liegt aufgrund des Wissens eine Täuschung auf jeden Fall näher, als bei dem 70-jährigen Rentnerpaar, welches die Einliegerwohnung zum ersten Mal vermietet. Von Wohnungsgesellschaften mit festangestelltem Juristen ganz zu schweigen; die wissen, was sie tun. Aber: Auf hoher See und vor Gericht ...
Also die Täuschung und die Arglist müssten nachgewiesen werden ...
Summa summarum würde ich's mit der "normalen" Anfechtung nach § 121 Abs. 1 Alt. 1 BGB versuchen. Grund es kostet nichts (Erklärung vor Zeugen) bzw. wenig (Porto, Papier). Wie gesagt unverzüglich, also innerhalb von vielleicht zwei Wochen ...
Prinzipiell ist dies aber schon ein Fall für den Fachanwalt Mietrecht, schon wegen der näheren und vor allem aktuellen Rechtsprechung.
Mit einer Anfechtung wirst Du aber nichts verkehrt machen. Wie gesagt, könnte ev. ein Meilenstein (z. B. der Einzug) problematisch sein, dass weiß ich aber nicht ...
Eine Sondersituation könnte noch vorliegen, wenn zwar im Vertrag auf die Anlage verwiesen wurde, Du diesen Vertrag unterschrieben hast und quasi diese nach Unterschrift mit Inhalt gefüllt wurde. Dies sollte - außer Du hast diesem Vorgehen vorher zugestimmt - sehr sicher unzulässig bzw. kriminell sein.
Gruß,
Ab